Thông tư 121/2025/TT-BTC đặt ra nhiều thay đổi trong hiện đại hóa quản lý hải quan nhưng quá trình triển khai đã bộc lộ nhiều “điểm nghẽn” với doanh nghiệp chế xuất, đặc biệt ở các giao dịch hàng hóa ra vào phục vụ sản xuất…
Từ ngày 1/2/2026, Thông tư số 121/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính chính thức
được áp dụng, sửa đổi nhiều quy định liên quan đến thủ tục hải quan, kiểm tra,
giám sát hải quan, thuế xuất
khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
Tuy nhiên, khi đi vào thực thi, nhiều doanh nghiệp chế xuất phản
ánh chính sách mới phát sinh không ít vướng mắc do đặc thù của khu vực này là hoạt động sản
xuất gắn liền với việc thường xuyên đưa hàng hóa ra vào nhà máy để sửa chữa, kiểm tra hoặc đóng gói trong
thời gian ngắn.
Doanh nghiệp được lựa chọn làm hoặc không làm thủ tục hải quan trong một số trường hợp nhất định, đồng thời phải tổ chức theo dõi, lưu trữ đầy đủ chứng từ và sổ sách kế toán phản ánh rõ mục đích và nguồn gốc hàng hóa ra vào.
Cụ thể, Khoản
45 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC sửa đổi Điều 74 Thông tư 38/2015/TT-BTC quy định hàng hóa
xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất phải làm thủ tục hải quan và sử
dụng đúng mục đích sản xuất.
Ngoài ra, hàng hóa doanh nghiệp chế xuất nhập khẩu từ nước ngoài đã nộp đủ
thuế, hoặc mua từ nội địa và nộp đủ thuế như doanh nghiệp thông thường thì khi mua bán với doanh nghiệp nội địa không phải làm
thủ tục hải quan.
Riêng trường hợp doanh nghiệp chế xuất mua hàng trong nước có thuế suất thuế
xuất khẩu để làm nguyên liệu cấu thành sản phẩm xuất khẩu thì vẫn phải làm thủ
tục hải quan, Thông tư 121/2025/TT-BTC nêu rõ.
Điểm gây nhiều băn khoăn cho
doanh nghiệp là quy định mới đã lược bỏ cơ chế cho
phép lựa chọn mở hoặc không mở tờ khai đối với hàng hóa đưa ra, đưa vào doanh
nghiệp chế xuất để sửa chữa, bảo hành, kiểm tra, phân loại hoặc đóng gói lại.
Theo phản ánh từ nhiều tập đoàn sản xuất lớn như Samsung Việt Nam, Canon Việt Nam, Panasonic Việt Nam hay Fushan Technology Việt Nam, đây là các hoạt động phát sinh thường xuyên trong dây chuyền sản xuất, nhiều trường hợp chỉ diễn ra trong vài giờ hoặc vài ngày. Nếu mỗi lần đều phải thực hiện thủ tục hải quan, doanh nghiệp vừa tốn thêm chi phí, vừa khó bảo đảm tiến độ sản xuất.
Bên cạnh đó, với những hàng hóa phải thực hiện
thủ tục kiểm tra chuyên ngành như dán nhãn năng lượng, doanh nghiệp còn gặp
lúng túng trong việc xác định cơ quan thẩm quyền có mở tờ khai đối ứng cho
doanh nghiệp chế xuất hay không?
Từ thực tiễn này, các doanh nghiệp
kiến nghị cho phép tiếp tục áp dụng cơ chế linh hoạt đối với hàng hóa ra vào để sửa chữa, bảo dưỡng, kiểm tra, phân
loại hoặc đóng gói lại trong thời gian dưới 30 ngày được lựa chọn làm hoặc không làm thủ tục hải quan.
Trước các phản ánh này, Cục Hải quan cho biết
pháp luật hiện hành vẫn cho phép doanh nghiệp chế xuất và đối tác được lựa chọn
cùng đăng ký hoặc cùng không đăng ký tờ khai hải quan trong các trường hợp: (i) hàng hóa
phục vụ các hoạt động theo quy định tại Nghị định số 35/2022/NĐ-CP, (ii) hàng hóa phục vụ kiểm tra, kiểm định, kiểm
nghiệm, phân loại hoặc nghiên cứu và phát triển, (iii) hàng hóa luân chuyển giữa các nhà máy trong nội
bộ cùng một doanh nghiệp chế xuất hoặc giữa doanh nghiệp chế xuất với chi nhánh
phụ thuộc.
Trong trường hợp doanh nghiệp chế xuất và đối
tác cùng lựa chọn không đăng ký tờ khai hải quan, doanh nghiệp phải thông báo
bằng văn bản cho cơ quan hải quan quản lý trước khi đưa hàng hóa ra vào doanh
nghiệp chế xuất và phải tuân thủ đầy đủ chế độ hóa đơn, chứng từ.
Nếu đối tác là doanh
nghiệp ưu tiên thuộc diện phải đăng ký tờ khai, thủ tục sẽ được thực hiện theo áp
dụng khoản 6 Điều 86 Thông tư số 121/2025/TT-BTC, Cục Hải quan nhấn mạnh.
Một khía cạnh khác cũng được doanh
nghiệp đặt ra là Thông tư 121 bỏ quy định cho phép doanh nghiệp chế xuất lựa
chọn mở tờ khai đối với hàng hóa luân chuyển trong nội bộ.
Điều này làm phát sinh câu hỏi về trường hợp doanh nghiệp đồng thời thực
hiện gia công và sản xuất xuất khẩu, khi nguyên liệu nhập khẩu được sử dụng
luân chuyển giữa hai loại hình thì có phải thực hiện thủ tục xuất nhập khẩu tại
chỗ hay không?
Phản hồi về vấn đề này, Cục
Hải quan khẳng định với hàng hóa nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất thuộc đối
tượng không chịu thuế, việc chuyển mục đích sử dụng giữa gia công và sản xuất
xuất khẩu không phải làm thủ tục chuyển mục đích sử dụng.
Do không phát sinh hoạt động bán hàng, doanh nghiệp không có hóa đơn giá trị gia tăng hoặc phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, liệu được sử dụng hóa đơn thương mại để khai báo tờ khai xuất khẩu không? Đồng thời, khi doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp nội địa có hoạt động gia công, mua bán, thuê mượn được phép nộp hóa đơn thương mại khi thực hiện thủ tục hải quan hay không?
Bên cạnh các vướng mắc về mở tờ khai, nhiều
doanh nghiệp cũng phản ánh khó khăn trong việc xác định
chứng từ khi đưa hàng hóa, công cụ, dụng cụ ra nội địa để sửa chữa, bảo hành.
Cục Hải quan cho biết, tùy bản chất hoạt động kinh tế và quy định pháp luật
về hóa đơn, chứng từ, doanh nghiệp có thể sử dụng linh hoạt các loại giấy tờ
như phiếu xuất kho, phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, hóa đơn bán hàng,
hóa đơn thương mại hoặc hóa đơn giá trị gia tăng khi thực hiện thủ tục hải
quan.
Đáng chú ý, Cục Hải quan cho biết đối với các trường hợp trước ngày 1/2/2026
doanh nghiệp chế xuất và đối tác cùng lựa chọn không làm thủ tục hải quan khi đưa hàng hóa ra vào doanh nghiệp thì
sau thời điểm Thông tư 121 có hiệu lực vẫn tiếp tục được áp dụng cơ chế này khi
nhận lại hàng hóa, qua đó tránh phát sinh thủ tục hồi tố và bảo đảm tính ổn
định cho hoạt động sản xuất.
Thông tư này được
kỳ vọng là bước tiến quan trọng trong lộ trình hiện đại hóa quản lý hải quan,
chuyển mạnh từ tiền kiểm sang hậu kiểm và quản lý rủi ro dựa trên dữ liệu.
Tuy
nhiên, vẫn cần tiếp tục làm rõ các
tình huống đặc thù của doanh nghiệp chế xuất, đặc biệt là những giao dịch có thời gian ngắn nhằm hài hòa giữa yêu cầu quản lý và nhu cầu vận hành của doanh nghiệp.
-Hoàng Sơn
Nguồn tin: https://vneconomy.vn/doanh-nghiep-che-xuat-than-phien-thu-tuc-hai-quan.htm
